Come tutti gli altri edifici della zona, anche la chiesa di Santa Maria Maddalena a Flaipano
, che sorgeva a nord dell'abitato, su un'altura posta in corrispondenza dello spartiacque fra le vallate dei Rii Zimor e Vedronza, venne gravemente danneggiata dal terremoto del ‘76. Nei mesi successivi, durante i quali venne anche saccheggiata, fu in parte demolita e ridotta soltanto a qualche muro pericolante e a cumuli di macerie.
Questi ruderi sono tutto ciò che restò di tre corpi in linea (orientamento est-ovest), progressivamente più lunghi e più elevati, che misuravano complessivamente 30 metri di lunghezza e 7 di larghezza. Alla chiesa era addossata una sacrestia, lungo la facciata orientata verso Flaipano. Davanti alla chiesa, a circa una decina di metri di distanza, si ergeva una torre campanaria, di cui restano visibili, attualmente, solo dei ruderi fino al primo piano.
La costruzione della chiesa di Santa Maria Maddalena può essere fatta ragionevolmente risalire ai sec. XII-XIII, dopo che popolazioni slave s'insediarono stabilmente nelle vallate del Torre e del Natisone, a seguito di una politica di ripopolamento delle zone di pianura e della pedemontana, susseguenti alle terribili incursioni degli Ungari (900-950 d.C). Queste popolazioni slave erano particolarmente devote a Santa Maria Maddalena, oltre che a San Michele e a Sant'Elena; infatti, Santuari dedicati a questa santa si trovavano anche in altre aree slave del Friuli, come a Cergneu di Sotto (1313), Gradiscutta di Canal di Grivò (prima del 1330) e Orzano.
Le prime informazioni storiche sull'esistenza, a Flaipano, di un edificio consacrato al culto della Maddalena risalgono alla fine del 1200. A quell'epoca, esistevano già in loco due rilevanti comunità: quelle di Flaipano, citato per la prima volta in un documento del 13 agosto 1276 e di Pers, degne di entrare nel patrimonio dei signori d'allora e d'essere oggetto di scambio fra loro. Risulta che, nel 1287, Enrico di Prampero acquistò la giurisdizione, fra le altre, anche sulle ville di Flaipano e Pers, che probabilmente alle origini era conosciuto come “Sclavons”.
La primitiva chiesa di Santa Maria Maddalena non fu particolarmente ampia, essendo costituita solo da uno stanzone di forma rettangolare che misurava m. 8 x 6,50 e che era dotato di un tetto spiovente, sopra il quale, probabilmente in epoca successiva, venne collocata una bifora con due campane. In alcuni documenti, si parla dell'esistenza delle prime campane già nel 1595. Le dimensioni di questo primitivo impianto corrispondevano a quella che, in epoca storica, fu la sagrestia dietro il coro e le sue tracce sono ancora ben visibili, tra le attuali rovine, nella parte posteriore dell'edificio, quella orientata verso la vallata del Torrente Vedronza.
Pur considerando la modestia delle dimensioni, la primitiva chiesetta diventò ben presto un Centro di Culto assai importante, soprattutto per le popolazioni slave dei dintorni. Si ha notizia che nel 1376 vi si svolgeva una festa della Santa, sotto la sorveglianza dei nobili Di Prampero e che, nel 1420, i solerti funzionari dei conti Di Prampero e Ravistagno provvedevano a riscuotere tasse dai rivenditori di merci e vino ai forestieri nel giorno della fiera di Santa Maria Maddalena. I tradizionali festeggiamenti, che culminavano il 22 luglio, con un'affluenza consistente di pellegrini, continuarono ininterrottamente nei secoli e vennero meno solamente verso la fine degli anni '60, soprattutto a causa del progressivo spopolamento dei paesi e della mancanza di un parroco residente in loco.
Le cronache parrocchiali ricordano, però, che ancora nella prima metà del secolo la chiesa di Santa Maria Maddalena di Flaipano esercitava l'attrazione di un vero e proprio Santuario (ai tempi dei Parroci Don Variola e Don Grillo), con grande affluenza di pellegrini dai centri della Val Torre, dal Tarcentino e dal Gemonese, con veglie di preghiera, offerte di ex-voto, vendita di olio santo e fiera di merci e vivande sui prati circostanti, fin dai giorni precedenti la festa della Santa.
I parroci del tempo annotarono sui libri parrocchiali che, in occasione della festa, si svolgeva un triduo di predicazione, da parte dei frati di Sant’Antonio di Gemona e che i celebranti erano, a volte, anche 9-12 e provenivano con i loro fedeli dalle parrocchie di Tarcento, Qualso, Segnacco, Ciseriis, Coia, Sammardenchia, Pradielis, Cesariis, Lusevera, Montenars, Artegna, Gemona e Buja. Le comunioni distribuite erano più di trecento e dopo la processione si svolgeva l'antico bacio delle reliquie.
In questo periodo, così fastoso, la primitiva cappelletta medioevale si trasformò in un maestoso edificio che aveva la capacità di accogliere oltre 500 persone ed aveva l'altare maggiore di marmo policromo con la statua lignea della Santa, realizzata, nel 1901 dal veneziano Valentino Panciera (detto Besarel). Ai lati erano posti altri due altari marmorei dedicati, rispettivamente, all'Immacolata Concezione e alla Santa Infanzia. All'interno della chiesa si trovava anche un Battistero ed un organo, situato sopra il portale d'ingresso, e due altre statue nell'abside, dedicate a San Martino e Sant'Antonio Abate.
A questa struttura architettonica si giunse attraverso due successivi ampliamenti del nucleo originario. Un primo ampliamento, consistente nel prolungamento del vecchio edificio con una struttura di metri 5 x 7 e più elevata, avvenne già verso la metà del 1700, mentre uno successivo venne realizzato fra il 1840 e il 1858.
Questi ampliamenti si resero necessari per far fronte al progressivo aumento della popolazione della parrocchia, che, alle soglie del ‘900, sfiorava le 700 unità e, alla vigilia della seconda guerra mondiale, aveva superato quota 900. Nel 1926 il parroco annotò che a Flaipano c'erano 250 abitanti, a Frattins 150, a Cretto di Sopra e di Sotto 280, a Pers 280. Mentre la chiesa subiva queste trasformazioni, attorno ad essa sorsero altre opere di completamento.
Nel 1810, in epoca napoleonica, attorno al suo perimetro venne allestito il primo cimitero. Fino a quella data, tutti i defunti venivano tumulati nel lontano cimitero di Sant’Elena a Montenars. Si racconta che, prima dell'indipendenza della parrocchia di Montenars da quella di Artegna i defunti venissero trasportati fino ad Artegna. A Flaipano un secondo cimitero, con cella mortuaria venne eretto accanto al campanile agli inizi del '900 e un terzo, che venne distrutto dal terremoto del 1976, venne realizzato dai volonterosi fedeli dal dopoguerra al 1925. Nel 1892 fu portata a termine la costruzione di un alto e splendido campanile e vi furono installate 3 campane (del peso complessivo di 38,50 quintali) che suonarono, per la prima volta, il 10 gennaio di quell'anno, con grande orgoglio dei flaipanesi ed altrettanta invidia dei paesi circostanti. Si vollero fare campane così grandi perché era insorta, per un nonnulla, una contesa fra i paesi di Flaipano e Villanova delle Grotte dove, nel 1890, furono inaugurate le nuove campane. A Flaipano, per un puntiglio, si stabilì che la campana piccola di Flaipano fosse uguale alla campana maggiore di Villanova. La spesa per la fusione delle campane ammontò a lire 10.500, e fu pagata integralmente in un anno e mezzo, caso piuttosto unico che raro.
Anche quest'opera fu distrutta dal terremoto ma fu sostituita da una nuova torre campanaria, eretta nel 1990, a qualche decina di metri di distanza col contributo di un compaesano benefattore, Franz Primo, e dotata di 3 campane, figlie delle precedenti. La chiesa originaria di Santa Maria Maddalena dipendeva dalla chiesa madre di Sant’Elena di Montenars (resasi, a sua volta, indipendente da Artegna, nel corso del 1550). La messa veniva officiata, talora regolarmente, talora irregolarmente, da cappellani di quella Pieve. Solo dal 1845 i fedeli di Flaipano e Pers ebbero un cappellano fisso e si cominciò a redigere un registro autonomo delle nascite e dei decessi. Nel 1910, Santa Maria Maddalena fu eretta a Vicaria cooperativa, nel 1920 a Vicaria indipendente, nel 1938 a Parrocchia.
La Casa Canonica non esisteva prima del 1880 circa. Nel 1935 nella frazione di Mattions, accanto alla Canonica, fu eretta per impulso del Cappellano di allora, Don Elio Molinari, una Cappella dedicata a San Giovani Bosco, e venne adornata con una statua del Santo e altre statue di San Tarcisio e del Sacro Cuore.
